Wydarzenie Nawrócenia Szawła z Tarsu jest związane szczególnie ze Zgromadzeniem Księży Misjonarzy. Bowiem w dniu wspomnienia tego wydarzenia – 25 stycznia 1617 r. – św. Wincenty a Paulo, założyciel Zgromadzenia, wygłosił pierwsze kazanie misyjne, które uważał za duchowy początek wspólnoty, którą później formalnie założył.

Kamień węgielny pod budowę kościoła Księży Misjonarzy p. w. Nawrócenia św. Pawła Apostoła położono w 1693 roku. Barokowy kościół Księży Misjonarzy zbudowany został w latach 1719-28 według projektu architekta Kacpra Bażanki, między innymi z fundacji Michała Szembeka, bpa sufragana krakowskiego i ks. Porębskiego, proboszcza kaplicy Zygmuntowskiej. W roku 1732 był konsekrowany przez bpa Michała Kunickiego, sufragana krakowskiego. Murowany z cegły z użyciem ciosu do okładziny fasady, tynkowany. Budowla jest orientowana, założona na planie wydłużonego prostokąta, jednonawowa, bez transeptu, z węższym, krótkim prezbiterium zakończonym apsydą na rzucie połowy elipsy. Korpus trójprzęsłowy, z nawą o zaokrąglonych narożnikach i trzema parami prostokątnych kaplic zakończonych półeliptycznie z ołtarzami zawierającymi obrazy świętych. Nad kaplicami na piętrze znajdują się empory. Kaplice i empory otwarte do nawy prostokątnymi przejściami i otworami komunikują się ze sobą oraz z przedsionkami przy prezbiterium arkadowymi przejściami. Od zachodu przedsionek nieco węższy od nawy, otwarty do wnętrza półkolistą arkadą mieszczącą chór muzyczny. Po bokach dwie kaplice na planie zbliżonym do kwadratu, połączone z przedsionkiem i kaplicami przy nawie arkadowymi przejściami. Nad kaplicami pomieszczenia o podobnych rzutach. Po bokach prezbiterium prostokątne przedsionki z emporami na piętrze. Wnętrze tego kościoła jest wzorowane na rzymskich budowlach Francesco Borrominiego, m.in. kaplicy Re Magi (Trzech Króli) w Palazzo di Propaganda Fide i kościoła Gesu e Maria, architekta Rainaldiego; natomiast rozwiązanie fasady nawiązuje do rzymskiego kościoła San Andrea al Ouirinale autorstwa Gianlorenzo Berniniego i kościoła Santa Maria della Pace, autorstwa Cortony.

Fasada, poprzedzona schodami o pięciu kamiennych stopniach, pięciopolowa, ze znacznie wyższą częścią środkową odpowiadającą nawie i nieco cofniętymi, dwupolowymi częściami bocznymi. Pole środkowe ujęte stojącymi na wysokich postumentach pilastrami w wielkim porządku o nieukończonych głowicach korynckich dźwigających przełamujące się belkowanie, z silnie wysuniętym profilowanym gzymsem, zwieńczone trójkątnym przyczółkiem w profilowanym obramieniu cofniętym w części środkowej, zakończonym krzyżem żelaznym. W przyczółku okno owalne w obramieniu z opaski z zaznaczonym kluczem. Na osi portal kamienny, prostokątny profilowany, z belkowaniem, z silnie wysuniętym trójkątnym przyczółkiem. Ponad portalem półeliptycznie wysunięte ku przodowi belkowanie.

W 1960 r. przeprowadzono restaurację fasady połączoną z wymianą zniszczonych elementów kamiennych, wzniesieniem przyczółka nad częścią środkową oraz dodaniem attyk i przebudową dachów nad kaplicami. Prace prowadziły warsztaty Technikum Górnictwa Odkrywkowego według projektu architekta Wiktora Zina. Ponowna konserwacja elewacji miała miejsce w 1991 roku. W późniejszym czasie w miarę potrzeb w najniższych partiach dokonywano doraźnych napraw partii uszkodzonych. W 2015 r. przeprowadzono prace konserwatorskie współfinansowane z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Prace konserwatorskie prowadziła firma AC Konserwacja Zabytków Piotrowski, Kosakowski które objęły: fasadę, metalowe drzwi główne i boczne, kraty, okno środkowe, wejściowe, zewnętrzne schody do kościoła oraz dodano dwie poręcze przy wejściu głównym.